Le Conseil d'administration d'Interpeace est l'organe décisionnel suprême de l'organisation et joue un rôle clé dans la définition de la stratégie globale d'Interpeace. C'est l'autorité légale qui est responsable de l'organisation.
Le Conseil d'administration est composé de personnalités éminentes des secteurs gouvernemental, international et des affaires. Deux sièges sont réservés au gouvernement hôte, la Suisse, et à un représentant désigné par le secrétaire général des Nations Unies.